生态环境部生态工业重点实验室由东北大学牵头，联合中国环境科学研究院和清华大学共同建设。实验室于2002年11月经国家环境保护总局（现国家生态环境部）批准设立，于2010年11月顺利通过验收，正式挂牌运行，是我国在工业生态学领域组建的首个国家级部门重点实验室，是为国家坚持科学发展、生态工业建设和环境管理决策提供观念转变、理论指导、科学依据和技术支撑的重要平台。
实验室围绕国家发展生态化工业的战略目标，针对国家碳中和、工业生态化和循环经济发展的重大发展方向，服务于国民经济、社会发展及国家安全的重大需求，重点研究工业生态学、循环经济与碳减排的基本理论与方法，开发生态化工艺与关键链接技术，建立生态工业的评价方法体系，探索并形成中国化的循环经济、生态工业理论体系与方法学，建成工业生态学领域国际影响力较大的开放性实验室和重要的人才培养基地，为我国工业的生态化转型提供理论指导和决策支撑。
实验室针对我国环境污染全过程控制国家需求，重点围绕生态工业与循环经济的基础理论；生态工业发展战略与规划；生态工业技术评估与系统集成；生态工业碳中和路径与实施方案；产业生态学和生态文明理论研究；资源效率提升关键技术研究与决策支撑；产业生态化关键技术与示范；清洁生产与工业污染预防；城市矿产开发与利用等研究方向，形成了在国内外低碳清洁生产、生态工业和循环经济领域具有影响力的团队。研究团队知识与年龄结构合理，团结合作，学术气氛浓厚，现有固定研究人员98人。
重点实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，实行依托单位领导下的主任负责制。重点实验室主任为杜涛教授，学术委员会主任为唐立新院士。中国环境科学研究院、清华大学两个单位各聘任一名副主任，分别由刘景洋研究员、陈吕军教授担任，协助主任分别组织和管理各自单位的实验室工作。
实验室在支撑生态环境保护重点工作方面，紧密对接国家在碳达峰碳中和、生态文明和美丽中国建设、资源效率提升和资源-能源安全政策方针，发挥重点实验室的高级智库和人才培养基地作用，积极开展科研项目攻关，培养高层次人才，产出高质量的国家和行业标准、科技专报、科研论文和专利、学术专著和教材，全面服务国家的生态环境保护重大需求。
实验室现有科研用房3500平方米，拥有各类大型仪器设备290台（套），仪器总值5500万元，先后与耶鲁大学、曼彻斯特大学、立命馆大学、墨尔本大学等国外知名研究机构建立了广泛的学术交流关系，为高水平科学研究、国家环境管理决策支撑、学科建设、人才培养提供了有利条件和保障。